根系分析仪按成像方式不同，可分为对原位根系图像的分析仪，以及对洗根后的根系图像分析仪。一般都要求可分析根系的长度、直径、面积、体积、根尖数、分叉数、根交叉数等。专业些的根系分析系统，还可分析植物根系的主侧根拓扑形态关系、连接关系，以及根尖部位的色彩变化，以便进行根系形态和构造研究。最新的根系分析系统应具备大批量图像的全自动分析特性，用户可对自动分析结果进行局部的交互编辑修正，以确保数据的科学性。对原位根系图像，因根系与土壤的颜色可能非常接近，故国内外均采用图像中根系目标的自动增强后，以交互引导的方式进行标记分析的。另外，还有引入分形维数，以及直方图投影来进行根系整体生物量分析的。根系分析的最新技术还可分析根瘤菌体积在根系中的占比，以客观确定根瘤菌体的贡献量。