1、进样系统：其较常用的方式主要为流体动力学进样和电迁移进样，该进样系统结构包括动力和计时控制部件、毛细管和样品瓶及缓冲液瓶的位置变换控制部件等。

　　2、毛细管清洗装置和缓冲液填充系统：酸碱活化毛细管可保证CE分离结果，此外，填充缓冲液也是必须的步骤之一。一般毛细管清洗或缓冲液填灌采用正压或负压来实现，要求系统具有一定的密闭性。商品化的仪器通常将毛细管清洗过程与进样过程共享压力控制机构，但计时以分钟为单位，对进样精度有所影响。

　　3、毛细管及其温控系统：CE分析实验过程中，焦耳热效应降低分离效率且在一定程度上影响分析结果的重复性。因此需要设计一个温度可调的恒温环境来降低焦耳热效应同时规避外界温度变化对毛细管分离结果造成的影响。风冷和液冷两种温控方式较为常用。风冷控温是通过控制空气对流实现但效果不佳。液冷控温是将毛细管置于恒温液体中，一般以水为冷却介质，由专门的制冷系统进行冷却或恒温并经由流路进行循环。其效果良好，故为常用的温控方式。

　　4、检测系统：CE应用紫外检测器最为广泛，其采用柱上检测方式，结构简单、操作方便，使用前需在适当位置将毛细管外壁涂层的弹性保护层聚酰亚胺膜剥离，让透明部分对准光路。可通过灼烧、硫酸腐蚀或者刀片刮除等方式实现涂层剥离。

　　1、高效(每米塔板数为十万、百万、千万)

　　2、高速(几十秒内完成)

　　3、高灵敏度(10~ 10mol)

　　4、样品用量少(纳升)

　　5、应用范围广(无机离子到整个细胞)

　　6、重现性好

　　7、进样准确性高

　　毛细管电泳柱中装载电解液运行时，由于管壁硅羟基的存在会产生电渗流，电渗流将推动整个毛细管柱内的溶液定向移动。与一般色谱技术的主要区别在于其分离原理不是基于组分在流动相和固定相中分配系数，而是在电场作用下离子迁移速度的不同。