质谱仪能用高能电子流等轰击样品分子，使该分子失去电子变为带正电荷的分子离子和碎片离子。这些不同离子具有不同的质量，质量不同的离子在磁场的作用下到达检测器的时间不同，其结果为质谱图。原理公式：q/m=2v/B2r2

    无机质谱仪与有机质谱仪工作原理不同的是物质离子化的方式不一样，无机质谱仪是以电感耦合高频放电(ICP)或其他的方式使被测物质离子化。
    无机质谱仪主要用于无机元素微量分析和同位素分析等方面。分为火花源质谱仪、离子探针质谱仪、激光探针质谱仪、辉光放电质谱仪、电感耦合等离子体质谱仪。火花源质谱仪不仅可以进行固体样品的整体分析，而且可以进行表面和逐层分析甚至液体分析；激光探针质谱仪可进行表面和纵深分析；辉光放电质谱仪分辨率高，可进行高灵敏度，高精度分析，适用范围包括元素周期表中绝大多数元素，分析速度快，便于进行固体分析；电感耦合等离子体质谱，谱线简单易认，灵敏度与测量精度很高。
    质谱分析法的特点是测试速度快，结果精确。广泛用于地质学、矿物学、地球化学、核工业、材料科学、环境科学、医学卫生、食品化学、石油化工等领域以及空间技术和公安工作等特种分析方面。

    有机质谱仪基本工作原理：以电子轰击或其他的方式使被测物质离子化，形成各种质荷比（m/e）的离子，然后利用电磁学原理使离子按不同的质荷比分离并测量各种离子的强度，从而确定被测物质的分子量和结构。
    有机质谱仪主要用于有机化合物的结构鉴定，它能提供化合物的分子量、元素组成以及官能团等结构信息。分为四极杆质谱仪、离子阱质谱仪、飞行时间质谱仪和磁质谱仪等。
    有机质谱仪的发展很重要的方面是与各种联用仪（气相色谱、液相色谱、热分析等）的使用。它的基本工作原理是：利用一种具有分离技术的仪器，作为质谱仪的"进样器"，将有机混合物分离成纯组分进入质谱仪，充分发挥质谱仪的分析特长，为每个组分提供分子量和分子结构信息。
    可广泛用于有机化学、生物学、地球化学、核工业、材料科学、环境科学、医学卫生、食品化学、石油化工等领域以及空间技术和公安工作等特种分析方面。

    分离和检测不同 同位素的仪器。仪器的主要装置放在真空中。将物质 气化、电离成 离子束，经 电压加速和 聚焦，然后通过 磁场电场区，不同质量的离子受到磁场电场的偏转不同，聚焦在不同的位置，从而获得不同同位素的质量谱。 质谱方法最早于1913年由J.J. 汤姆孙确定，以后经 F.W. 阿斯顿等人改进完善。现代质谱仪经过不断改进，仍然利用电磁学原理，使离子束按荷质比分离。质谱仪的性能指标是它的 分辨率，如果质谱仪恰能分辨质量m和m+Δm，分辨率定义为m/Δm。现代质谱仪的分辨率达 105 ～106 量级，可测量原子质量精确到小数点后7位数字。
    质谱仪最重要的应用是分离同位素并测定它们的原子质量及 相对丰度。测定原子质量的精度超过 化学测量方法，大约2/3以上的原子的精确质量是用质谱方法测定的。由于质量和能量的 当量关系，由此可得到有关核结构与 核结合能的知识。对于可通过 矿石中提取的 放射性衰变产物 元素的分析测量，可确定矿石的 地质年代。质谱方法还可用于 有机化学分析，特别是微量 杂质分析，测量分子的 分子量，为确定 化合物的 分子式和 分子结构提供可靠的依据。由于化合物有着像 指纹一样的独特质谱，质谱仪在 工业生产中也得到广泛应用。
    固体火花源质谱：对高纯材料进行杂质分析。可应用于半导体材料有色金属、建材部门; 气体同位素质谱：对 稳定同位素C、H、N、O、S及 放射性同位素Rb、Sr、U、Pb、K、Ar测定，可应用于 地质石油、医学、环保、农业等部门

    质谱仪以离子源、 质量分析器和离子检测器为核心。离子源是使 试样分子在高 真空条件下离子化的 装置。 电离后的分子因接受了过多的 能量会进一步碎裂成较小质量的多种 碎片离子和 中性粒子。它们在加速电场作用下获取具有相同能量的平均 动能而进入质量分析器。质量分析器是将同时进入其中的不同质量的离子，按 质荷比m/e大小分离的装置。分离后的离子依次进入离子检测器， 采集放大离子 信号，经 计算机处理，绘制成 质谱图。离子源、质量分析器和离子检测器都各有多种类型。质谱仪按应用范围分为同位素质谱仪、 无机质谱仪和 有机质谱仪；按分辨本领分为高分辨、中分辨和低分辨质谱仪；按工作原理分为静态仪器和动态仪器。

    同位素质谱分析法的特点是测试速度快，结果精确，样品用量少（微克量级）。能精确测定元素的 同位素比值。广泛用于核科学， 地质年代测定，同位素稀释质谱分析， 同位素示踪分析。

    离子探针是用聚焦的一次离子束作为微探针轰击样品表面，测射出原子及分子的二次离子，在磁场中按质荷比（m/e）分开，可获得材料微区质谱图谱及离子图像，再通过分析计算求得元素的定性和定量信息。测试前对不同种类的样品须作不同制备，离子探针兼有电子探针、火花型质谱仪的特点。可以探测电子探针显微分析方法检测极限以下的微量元素，研究其局部分布和偏析。可以作为同位素分析。可以分析极薄表面层和表面吸附物，表面分析时可以进行纵向的浓度分析。成像离子探针适用于许多不同类型的样品分析，包括金属样品、半导体器件、非导体样品，如高聚物和玻璃产品等。广泛应用于金属、半导体、催化剂、表面、薄膜等领域中以及环保科学、空间科学和生物化学等研究部门。