高效液相色谱－质谱联用系统主要通过分析物质的分子量及元素组成等研究分子的结构等方面的信息。在生物、医药、农业、化学、精细化工等方面均可应用：
　　1、蛋白质和多肽的研究（蛋白的分子量测定及序列分析，肽谱测定，巯基及二硫键定位，蛋白质翻译后修饰分析－磷酸化、糖基化或化学修饰位点的确认等）；
　　2、寡核苷酸和核酸的分析；
　　3、多糖的结构的研究；
　　4、中药活性组份和其它天然产物的分析、鉴定；
　　5、药物代谢产物的分析；
　　6、食品添加剂的分析及农药残留测定等

　　1、蛋白，核酸测序，二硫键定位
　　2、蛋白翻译后修饰分析
　　3、生物大分子间相互作用
　　4、分子结构解析
　　5、药物代谢途径分析
　　6、农药残留分析，食品检测