离心分配色谱的萃取腔体带有溶剂的进口和出口。萃取腔体首先流入作为固定相的溶剂。当开始旋转后，由输液泵开始从萃取腔的入口输入流动相。根据斯托克斯定律，流入的流动相溶剂形成微小液滴，被称作雾化。这些液滴开始沉降通过固定相，和固定相产生巨大的交互区域，这就是萃取。当到达腔体末端时，这些滴液在表面张力作用下而重新聚集在一起，产生沉降。
　　当一个样品混合物被进样到流动相中，混合物中的不同物质根据它们的分配系数依次洗脱：离心分配色谱仅需要双相溶剂，可根据不同物质的分配系数调整溶剂配比，并确保高选择性的分离结果。

　　逆流色谱和离心分配色谱是基于液液萃取原理的两种不同的仪器形态。逆流色谱通常使用行星式齿轮运动，无转子密封，而离心分配色谱采用带转子密封的腔体旋转液体连接模式。逆流色谱的螺旋管内有混合区和沉降区，因此雾化，萃取和沉降在时间和空间上是分开的。在离心分配色谱内部，这三个步骤在萃取腔内同时连续地发生。
　　离心分配色谱的优点包括：
　　同一体积下流速更高，实验室级别：250mL的离心分配色谱的流速是5-15mL/min，而250mL的逆流色谱其流速为1-3mL/min。生产级别：5L的逆流色谱流速为100-300mL/min，而5L的离心分配色谱流速可达1000-3000mL/min。
　　更高的生产效率（高流速和更快的分离时间）
　　可以扩大至每月吨级
　　更佳的固定相保留。
　　离心分配色谱的缺点为：相比逆流色谱系统压力会更高